После войны с Зентради человечество, чтобы выжить и сохранить свою культуру, расселяется по всей Вселенной с помощью новых космических кораблей, подобных Фронтиру.
На дворе 2059 год. 25-й колонизационный флот «Макросс Фронтир» направляется в центр галактики. Во время разведки неисследованного астероидного пояса, разведчик VF-17 Nightmare был уничтожен некой биомеханической формой жизни, Вайра (Vajra), существа которой сразу же после этого атаковали весь 25-й флот. Космические Силы U.N не смогли противостоять на равных пришельцам.